Il Dottorato Internazionale in Biologia Strutturale è un dottorato internazionale in collaborazione con le Università di Francoforte e Utrecht. È stato istituito con un accordo siglato dai tre Rettori nel 2001. In base a tale accordo, il titolo di Dottore di Ricerca che gli studenti conseguono al termine del programma è considerato equivalente a quello conseguito presso il Centro Bijvoet per la Ricerca Biomolecolare e al Dottorato di Ricerca in Chimica e Biochimica presso l'Università di Francoforte.

La Scuola di Dottorato in Fotonica Atomica e Molecolare nasce sotto l'ispirazione delle avanzate ricerche multidisciplinari portate avanti, dal 1991, presso il Laboratorio Europeo di Spettroscopia Non Lineare (LENS) University of Florence .

Il programma di dottorato (secondo il Dottorato di Ricerca italiano) è un titolo accademico post-laurea. Rappresenta l'implementazione del 3° ciclo dell'istruzione e formazione alla ricerca (secondo l'accordo di Bologna) nel sistema accademico italiano e fornisce le capacità e le competenze necessarie per svolgere ricerca altamente qualificata nelle università, nelle istituzioni pubbliche e nelle imprese private.

Il Dottorato in Economia dello sviluppo e dei sistemi locali (DELoS) è un nuovo programma di dottorato lanciato nell'anno accademico 2020-21 dall'Università University of Florence focalizzato sull'economia dello sviluppo e sullo sviluppo locale. Dal punto di vista dei contenuti, l'attenzione si concentra sull'analisi di sistemi socioeconomici complessi a livello micro, meso e macro.

Il dottorato Il programma in Gestione Sostenibile delle Risorse Agricole Forestali e Alimentari si basa sulla pluriennale esperienza nella ricerca e nell'insegnamento del Dipartimento di Agricoltura, Alimentazione, Ambiente e Foreste (DAGRI) University of Florence .